Beberapa perwira yang ditangkap Iskandar adalah komandannya sendiri, Letnan Kolonel Ezy Suharto. Kemudian, Kepala Staf Korem (Komando Resort Militer) Solo, Kapten Parman; dan seorang perwira lainnya, Letnan Kolonel Ashari. Mereka dianggap lamban dan malu-malu untuk mendukung G30S.
Aidit Ditangkap
Aidit terus berpindah-pindah tempat persembunyian untuk menghindari kejaran tentara yang mengubernya. Dia berpindah-pindah tempat di wilayah Solo, Bonyolali, dan sekitarnya dibantu oleh simpatisan PKI.
Namun, situasi politik kemudian berubah drastis. Jaringan PKI lumpuh, simpatisan ketakutan, dan operasi militer berlangsung masif.
Setelah buron sekitar dua bulan, Aidit ditangkap di salah satu lokasi tidak jauh dari Stasiun Balapan Solo, yakni Desa Sambeng, Mangkubumen, Banjarsari.
Penangkapan tersebut terjadi pada 22 November 1965 dini hari di salah satu rumah warga.
Penangkapan dilakukan oleh pasukan dari Brigade IV Kodam Diponegoro pimpinan Kolonel Yasir Hadibroto.
Keesokan harinya, Aidit dibawa ke Boyolali. Di sebuah sumur tua di kawasan Batalyon 444, Aidit diminta menyampaikan pesan terakhirnya sebelum akhirnya dieksekusi mati pagi buta 23 November 1965.
Versi lain menyebutkan, ketika diberi kesempatan menyampaikan pesan terakhir, Aidit melontarkan pidato berapi-api. Ia juga sempat sesumbar bahwa daripada ditangkap, lebih baik dihabisi.
Yasir memenuhi permintaan itu tanpa ragu. Tembakan pun dilepaskan. Tubuh Aidit yang tak lagi bernyawa kemudian dimasukkan ke dalam sumur.
Yasir lantas melapor kepada Soeharto di Gedong Agung, Yogyakarta. Ia menyatakan siap menerima konsekuensi, termasuk hukum gantung atas terbunuhnya Aidit.
Soeharto menatap Yasir dan dengan tenang mengatakan, tidak akan menjatuhkan hukuman tersebut. Soeharto menyampaikan, ia yang akan mempertanggungjawabkannya.***