Musharraf juga ikut serta dalam Perang India-Pakistan tahun 1971 sebagai Komandan Kompi dalam Batalyon Komando Kelompok Pendukung Khusus (SSG). Ia bertanggungjawab dalam memimpin resimen artileri dan divisi pasukan lapis baja.
Pada September 1987, ketika memimpin sebuah satuan Perang gunung SSG yang baru terbentuk di basis Khapalu (Kashmir), ia melancarkan serangan untuk merebut pos-pos yang dikuasai India di lintasan Bilafond La di Glasir Siachen walaupun kemudian terkena serangan balik.
Ketika pangkatnya naik menjadi mayor jenderal pada 15 Januari 1991, ia diberikan tanggung jawab mengomandani sebuah Divisi Infanteri dan sebagai letnan jenderal bertanggungjawab atas Korps Penyerang yang bergengsi pada 21 Oktober 1995.
Musharraf pernah menduduki sejumlah jabatan penting sebagai staf dan pengajar dalam kariernya. Ia pun pernah menjadi Direktur Jenderal Operasi Militer di Markas Besar pada periode 1993-1995.
Pangkatnya naik menjadi jenderal dan ditunjuk menjadi Kepala Staf Angkatan Darat Pakistan pada 7 Oktober 1998 saat Kepala Staf Jenderal Jehangir Karamat dipaksa mengundurkan diri karena menuntut agar militer diberikan tempat di Dewan Keamanan Nasional Pakistan.
Musharraf lalu mendapat sebuah jabatan lain sebagai Ketua Komite Gabungan Angkatan Bersenjata pada 9 April 1999. Ia memimpin angkatan bersenjata Pakistan dalam Perang Kargil antara India dan Pakistan pada Mei hingga Juli 1999.
Musharraf menjadi terkenal secara nasional ketika dia dipromosikan menjadi jenderal bintang empat oleh Perdana Menteri Nawaz Sharif pada tahun 1998, menjadikan Musharraf sebagai kepala angkatan bersenjata.
Setelah hubungan kontroversial antara Sharif dan Musharraf selama berbulan-bulan, Sharif gagal dalam upayanya untuk mencopot Musharraf sebagai pemimpin tentara. Sebagai pembalasan, tentara melakukan kudeta pada 1999, yang memungkinkan Musharraf mengambil alih Pakistan sebagai presiden pada tahun 2001.
Dia kemudian menempatkan Sharif di bawah tahanan rumah yang ketat sebelum meluncurkan proses pidana resmi terhadapnya.
Musharraf awalnya tetap menjadi Ketua Kepala Staf Gabungan dan Kepala Staf Angkatan Darat, melepaskan jabatan sebelumnya setelah dikukuhkan sebagai presiden. Namun, ia tetap menjadi Panglima Angkatan Darat sampai pensiun pada tahun 2007.
Tahap awal kepresidenannya menampilkan kemenangan kontroversial dalam referendum negara bagian untuk memberinya batas masa jabatan lima tahun, dan pemilihan umum pada tahun 2002.
Selama masa kepresidenannya, dia mengadvokasi Jalan Ketiga, mengadopsi sintesis konservatisme dan sosialisme. Musharraf mengembalikan konstitusi pada 2002, meskipun banyak diubah dalam Orde Kerangka Hukum.
Dia menunjuk Zafarullah Jamali dan kemudian Shaukat Aziz sebagai Perdana Menteri, dan mengawasi kebijakan terarah melawan terorisme, menjadi pemain kunci dalam perang melawan teror yang dipimpin Amerika.
Musharraf mendorong liberalisme sosial di bawah program moderasinya yang tercerahkan dan mempromosikan liberalisasi ekonomi, sementara dia juga melarang serikat pekerja.
Masa kepresidenan Musharraf bertepatan dengan peningkatan produk domestik bruto keseluruhan sekitar 50 persen; pada periode yang sama, tabungan domestik menurun, dan ketimpangan ekonomi meningkat dengan cepat.
