Pemerintahan Musharraf juga dituduh melakukan pelanggaran hak asasi manusia, dan dia selamat dari sejumlah upaya pembunuhan selama masa kepresidenannya.
Ketika Aziz mengundurkan diri sebagai perdana menteri, dan setelah menyetujui penangguhan peradilan pada tahun 2007, posisi Musharraf melemah secara dramatis.
Mengajukan pengunduran dirinya untuk menghindari pemakzulan pada tahun, Musharraf beremigrasi ke London dalam pengasingan.
Warisannya sebagai pemimpin beragam; dia melihat munculnya kelas menengah yang lebih tegas, tetapi ketidakpeduliannya terhadap institusi sipil sangat melemahkan demokrasi di Pakistan.
Musharraf kembali ke Pakistan pada 2013 untuk berpartisipasi dalam pemilihan umum tahun itu, tetapi didiskualifikasi dari partisipasi setelah pengadilan tinggi negara mengeluarkan surat perintah penangkapan untuk dia dan Aziz atas dugaan keterlibatan mereka dalam pembunuhan Nawab Akbar Bugti dan Benazir Bhutto.
Setelah Sharif terpilih kembali pada 2013, dia memprakarsai tuduhan pengkhianatan tingkat tinggi terhadap Musharraf karena menerapkan aturan darurat dan menangguhkan konstitusi pada 2007.
Kasus terhadap Musharraf berlanjut setelah pencopotan Sharif dari jabatannya pada 2017, tahun yang sama ketika Musharraf dinyatakan sebagai "pelarian" dalam kasus pembunuhan Bhutto karena pindah ke Dubai.
Pada 2019, Musharraf, in absentia, dijatuhi hukuman mati atas tuduhan makar, meskipun hukuman mati tersebut kemudian dibatalkan oleh Pengadilan Tinggi Lahore.
Dia meninggal pada 5 Februari 2023 di Rumah Sakit Amerika, Dubai, Uni Emirat Arab, setelah menderita kasus amiloidosis yang berkepanjangan.***