Mallaby memimpin Brigade Infanteri India ke-49 ke Indonesia untuk menemukan dan memulangkan mantan tawanan perang Jepang. Pasukannya tiba di Surabaya pada 25 Oktober 1945.
Setelah mendarat, dia mengirim Kapten Douglas MacDonald untuk menghubungi pemimpin setempat, Moestopo. Moestopo pun menyatakan tidak akan menentang pasukan Inggris.
Mallaby dan skuadronnya bekerja di bawah pengawasan konstan orang Indonesia. Dia menyatakan fokus untuk menemukan tawanan perang.
Namun, situasi menjadi lebih panas pada 27 Oktober setelah Mallaby menafsirkan pamflet yang menuntut penyerahan segera senjata Indonesia. Pamflet yang ditandatangani oleh Jenderal Douglas Hawthorn itu diartikan sebagai perintah.
Komunikasi terputus antara pasukan Mallaby dan pihak Indonesia. Hari berikutnya pihak Indonesia mulai melancarkan serangan terhadap Brigade ke-49.
Untuk memadamkan pertempuran, Mallaby dapat menghubungi Jenderal Hawthorn melalui perantara dan mengatur pertemuan antara dirinya dan Presiden Sukarno. Mereka merundingkan gencatan senjata.
Mallaby terbunuh pada tanggal 30 Oktober 1945. Saat itu, ia sedang berkeliling Surabaya di bawah bendera putih untuk menyebarkan berita tentang perjanjian gencatan senjata dan menyelamatkan beberapa pasukan Maratha yang terdampar, meskipun telah diperingatkan akan bahaya oleh pasukan Angkatan 136.
Ketika mobilnya mendekati pos pasukan Inggris di gedung Internasional dekat Jembatan Merah, mobilnya dikepung oleh pasukan Indonesia.
