Dan kemudian, dipenjara berpindah ke beberapa tempat lain seperti Sukabumi dan Tanah Tinggi Batavia Centrum. Falah dalam Riwayat Perjuangan (2009), bahwa alasan penangkapan Ahmad Sanusi dipelopori oleh pemikiran tokoh tersebut.
Kiai Ahmad Sanusi juga merupakan pendiri Al-Ittahadiyatul Islamiyah (AII), sebuah organisasi yang bergerak dalam bidang pendidikan, sosial kemasyarakatan dan ekonomi. Organisasi ini kemudian dibubarkan oleh Jepang.
Setelah AII dibubarkan Jepang, diam-diam Kiai Ahmad Sanusi mendirikan Persatuan Umat Islam Indonesia (PUII). Dan Pondok Pesantren Syamsul Ulum, Sukabumi.
Kemudian Kiai Ahmad Sanusi menjadi anggota Badan Penyelidik Usaha-usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI). Dan tercatat mengikuti sidang pada tanggal 10-17 Juli tahun 1945 dengan nomor kursi 36.
Dalam sidang BPUPKI tersebut, Kiai Ahmad Sanusi mengungkapkan pendapatnya tentang Indonesia merdeka. Ia menerangkan tentang bentuk Indonesia merdeka yang menganut sistem republik (Wawan Hermawan, Seabad Persatuan Ummat Islam 1911-2011, 2014).
Kyai Ahmad Sanusi wafat pada tangga 31 Julin1950 di usia 64 tahun. Ia wafat tepat lima tahun setelah menyampaikan gagasannya tentang Indonesia saat rapat BPUPKI dan Proklamasi kemerdekaan yang dibacakan oleh Bung Karno dan Bung Hatta di Jakarta pada 17 Agustus 1945.
