Setelah ditangkap bersama enam orang aktivis Sarekat Islam lainnya, ia dijadikan terdakwa pada bukan Juli 1947. Pada 13 September 1947 pengadilan Belanda menyatakan H Salahuddin dan keenam pemimpin SI lainnya terbukti bersalah.
Vonis pengadilan menjatuhkan hukuman mati kepada H Salahuddin. Sedangkan rekannya, Khadi Abdul Hadi dihukum 12 tahun penjara, sementara kelima pimpinan sayap militer lainnya masing-masing dihukum 6 hingga 9 tahun penjara.
Pada 6 Juni 1948, Kejaksaan Ternate mengeksekusi putusan Pengadilan Negeri, setelah Letnan Gubernur Jendral Van Mook menolak permohonan grasi Haji Salahuddin yang diajukan Kejaksaan.
Eksekusi H Salahuddin oleh tentara belanda dilakukan pada 6 Juni 1948. Haji Salahuddin dibawa ke lapangan tembak militer di Skep, Ternate, dan tepat jam 06.00 WIT, H Salahuddin dieksekusi di depan regu tembak. Jenazah Almarhum H Salahuddin kemudian dimakamkan di Ternate.***
