Atas perlakuan sewenang-wenang tentara Jepang, terjadi pergerakan perlawanan dengan seolah oleh berkolaborasi dengan Jepang dengan nama organisasi Nissinkwai. Namun Jepang mencurigai dan akhirnya membubarkan Nissinkwai.
Desember 1943 dr Rubini dikhianati oleh para pendukung Jepang di Pontianak karena membentuk pasukan bersenjata dengan nama Pasukan Soeka Rela.
Tindakan ini sebenarnya merupakan rentetan rencana licik tentara Jepang untuk menjauhkan pemuka-pemuka masyarakat dan cendekiawan Bangsa Indonesia dari rakyatnya.
Pada tahun 1944 dr. Rubini ditangkap oleh Gunkanseibu bersama dengan dr. Ismail, dr. Achmad Diponogoro, dr. Soenaryo, dan dr. Agoesdjam. Akhirnya dr Rubini dieksekusi oleh tentara Jepang bersama istrinya Amalia Rubini, dan rekan-rekan seperjuangannya.
Dr. Rubini mempunyai satu orang istri yang bernama Ny. Amalia, ia merupakan aktivis palang merah yang membantu suaminya untuk memberikan pelayanan kesehatan bagi masyarakat Pontianak dan Kalimantan Barat. Pasangan ini dikaruniai 5 orang putri: Rubinneta, Aminetty, Marlina, Martini, Maryetty.
Untuk mengenang jasanya, melalui SK Bupati Nomor 121 Tahun 1984, Rumah Sakit Umum Mempawah ditetapkan namanya menjadi RUMAH SAKIT DOKTER RUBINI dan nama jalan. Negara akhirnya menyematkan gelar Pahlawan Nasional kepada dr Rubini Natawisastra pada 7 November 2022.
Seperti dilansir situs Pemprov Kalbar, dr R Rubini Natawisastra sebelumnya diusulkan oleh Pemerintah Provinsi Kalimantan Barat bersama Kongres Wanita Indonesia (KOWANI) sebagai pahlawan nasional pejuang kemanusiaan dan kemerdekaan Indonesia.
