Sel prokariotik memiliki dinding sel yang sudah cukup kompleks dan memiliki kandungan peptidoglycan, Sedangkan, pada sel eukariotik memiliki dinding sel yang hanya terdapat komposisi kimia sederhana.
Pada sel prokariotik terdapat flagea yang memiliki kandungan dua protein penyusun, sedangkan pada sel eukariotik tersusun atas banyaknya mikrotubula.
Sel prokariotik tidak terdapat membran inti atau nucleus tidak nyata yang tersebar pada sitoplasma. Sedangkan pada sel Eukariotik terdapat inti sel nyata karena memiliki membran inti.
Sel prokariotik memiliki ukuran sel yang berdiameter 0,2-2.0µm. Sel eukariotik memiliki sel yang berdiameter 10-100µm. Dapat disimpulkan bahwa sel eukariotik memiliki ukuran lebih besar dibandingkan sel prokariotik.
Membran sel pada sel prokariotik tidak memiliki karbohidrat dan kurang memiliki kandungan steroid. Sedangkan pada sel eukariotik memiliki kandungan steroid dan karbohidrat yang cukup untuk dapat berfungsi sebagai reseptor.
Pada sel eukariotik memiliki kandungan sitoskeleton dan aliran sitoplasma, sedangkan pada sel prokariotik tidak memiliki kandungan sitoskeleton. Sel eukariotik memiliki ukuran ribosom yang besar jika dibandingkan dengan ukuran ribosom pada sel prokariotik.
Sel prokariotik memiliki sebuah kromosom sirkular namun tidak mengandung histon, sedangkan pada sel eukariotik memiliki bentuk linear dan memiliki kandungan histon. Pada sel prokarotik dapat membelah diri secara fisik, sedangkan sel eukaritok dapat membelah diri dengan cara mitosis.
Sel prokariotik dan sel eukariotik memiliki organel yang terbungkus oleh membran hanya ada pada sel eukariotik. Seluruh organel pada sel terbungkus oleh membran seperti mitokondria, retikulum endoplasme, lisosom dan organel sel lainnya.
