Sebagian besar upaya difokuskan pada alat yang dapat membantu membuat protein asli, yang bentuknya tidak seperti apa pun di alam, tanpa banyak fokus pada apa yang dapat dilakukan molekul ini. Tetapi para peneliti -dan semakin banyak perusahaan yang menerapkan AI pada desain protein- ingin merancang protein yang dapat melakukan hal-hal yang bermanfaat.
Mulai dari membersihkan limbah beracun hingga mengobati penyakit. Di antara perusahaan yang bekerja menuju tujuan ini adalah DeepMind di London dan Meta (sebelumnya Facebook) di Menlo Park, California.
“Metodenya sudah sangat kuat. Mereka akan menjadi lebih kuat, ”kata Baker. "Pertanyaannya adalah masalah apa yang akan Anda selesaikan dengan mereka."
Sejarah Penelitian
Laboratorium Baker telah menghabiskan tiga dekade terakhir untuk membuat protein baru. Perangkat lunak bernama Rosetta, yang mulai dikembangkan labnya pada 1990-an, membagi proses menjadi beberapa langkah.
Awalnya, para peneliti menyusun bentuk untuk protein baru -seringkali dengan menggabungkan potongan-potongan protein lain- dan perangkat lunak menyimpulkan urutan asam amino yang sesuai dengan bentuk ini.
Tetapi protein 'draf pertama' ini jarang terlipat menjadi bentuk yang diinginkan saat dibuat di laboratorium, dan malah berakhir dengan konfirmasi yang berbeda. Jadi langkah lain diperlukan untuk mengubah urutan protein sedemikian rupa sehingga hanya terlipat menjadi satu struktur yang diinginkan.
"Langkah ini, yang melibatkan simulasi semua cara di mana urutan yang berbeda mungkin terlipat, secara komputasi mahal," kata Sergey Ovchinnikov, ahli biologi evolusi di Universitas Harvard di Cambridge, Massachusetts, yang dulu bekerja di lab Baker. "Anda benar-benar akan memiliki, seperti, 10.000 komputer yang berjalan selama berminggu-minggu melakukan ini."
"Dengan mengutak-atik AlphaFold dan program AI lainnya, langkah yang memakan waktu itu menjadi instan," ucap Ovchinnikov.
